主持局（执法队）和中心党政全面工作，负责党建、安全和审计工作。

负责机关日常运转和督考、宣传、信访、保密、档案、后勤、党群、党风廉政、意识形态、干部人事、机构编制、精神文明、老干部管理、审计、财务、引航等工作，分管局办公室、直属机关党委、直属机关纪委、机关工会、团工委和中心办公室、人事处、计划财务处，联系舟山引航站。 

负责水路交通建设与规划、港口航道锚地建设管理及安全监管、局基建项目投资建设管理等工作，分管局规划建设管理处（招投标管理处）和中心港航工程服务处（岸线储备处）、航道建设处。

负责航运管理及安全监管、行政许可、信息化建设、船舶检验等工作，分管局航运管理处、行政许可服务处，执法业务指导处，中心航运服务处、信息处，联系市船舶检验中心。

负责口岸管理、江海联运、港航生产统计、军民融合、交通战备等工作，分管局口岸管理处、中心江海联运协调处，联系舟山口岸通关服务中心

负责港口管理及安全监管、政策法规、港调、港航行政执法等工作，分管局港口管理处、政策法规处、港航执法一队、港航执法二队、港航执法三队、市岱山港航行政执法队、市嵊泗港航行政执法队，中心港口服务处、港口总调度室。

负责反走私综合治理、 水运工程质量安全服务工作，分管局反走私处，协助分管中心海事服务处（招商引资处）、科技装备处（安全处），联系市水运工程质量安全服务中心。