舟山仲裁委员会秘书处为舟山市司法局所属公益一类事业单位，机构规格相当于正科级。主要职责是：
（一）负责办理仲裁案件受理、仲裁文书送达、仲裁案件组庭、档案管理等程序性事务。
（二）协助仲裁庭组织仲裁案件鉴定、核阅仲裁裁决文书等工作。
（三）承担仲裁法律制度宣传工作。
（四）完成舟山仲裁委员会、舟山市司法局交办的其他任务。