负责全市地表水和海洋生态环境监管工作，拟订并监督实施全市重点海域、流域生态环境规划和水功能区划，监督指导入海（河）排污口设置。组织实施跨行政区域水体交接断面水质考核制度，监督管理饮用水水源地生态环境保护工作。开展海洋生态环境调查评价、海洋生态保护与修复监管，监督协调重点海域生态环境综合治理工作。监督陆源污染物排海，负责防治海岸和海洋工程建设项目、废弃物海洋倾倒等对海洋污染损害的生态环境保护工作。