负责渔业资源、水生野生动植物、水产种质资源的保护管理工作。组织开展渔场区划、资源与环境监测评估、捕捞总量控制、配额管理等工作。指导“三场一通道”建设，组织实施渔业资源增殖和人工鱼礁、海洋牧场建设。组织涉渔工程环境影响评价和生态补偿工作。组织和监督渔业污染事故调查处理。负责拟订并监督实施海洋特别保护区建设规划，审核海洋特别保护区管理制度和功能区划。监督、指导、协调海洋特别保护区保护各项具体管理工作。承担市海洋特别保护区管理领导小组办公室的日常工作。